過去3回にも及ぶ大災害を経て、防災都市と化した東京。
2039年の3回目の大災害では、港区のほぼ全域を飲み込む大規模な崩落が発生。
その時に出来た巨大な穴から得体の知れぬ「マモノ」が沸き上がり、人々を襲い始める。

それから数年が経ち、2049年の東京。ここからこの物語は始まる。